Suite à une erreur de parcours, James Adams, 13 ans, se retrouve isolé de tous, en difficulté avec la direction de Cherub, et fâché avec ses amis les plus proches. Pour rompre avec sa nouvelle solitude, il est contraint d'accepter une mission de routine : envoyé dans un quartier défavorisé de Londres, il doit enquêter sur les activités obscures d'un petit truand local. Mais cette opération sans envergure va bientôt révéler un complot criminel d'une ampleur inattendue, et terriblement dangereux...