Manji l'immortel sert maintenant de garde du corps au révolutionnaire Sakamoto Ryôma et l'accompagne à Kyoto, où le Shinsen-Gumi les attend de pied ferme. Cette milice gouvernementale a fait prisonnier leur allié Takechi Hanpeita et lâche sur eux une unité secrète du nom d'Itsubantai dont certains membres ne sont peut-être pas sans lien avec le secret de l'immortalité de Manji. D'autant qu'ils ont pour appui une étrange enfant, descendante d'une de ses vieilles connaissances, qui semble en savoir long sur le sujet.