De retour à Paris, Jean-Baptiste Poulain est convoqué chez un notaire. Il apprend qu'il est l'un des héritiers d'un homme appelé Umberto Leone qu'il n'a tout simplement... jamais connu ! Intrigué, il se rend dans l'ancien appartement de cet homme mystérieux où il découvre d'étranges objets ainsi que plusieurs notes. Sa gouvernante lui confie qu'il avait passé les dix dernières années de sa vie en Égypte, obsédé par la grande pyramide de Kheops et qu'il était sur le point de découvrir « le secret des secrets ». Il décide de se rendre sur place, là même où vivait son énigmatique bienfaiteur qui semblait « possédé » par la pyramide de Kheops. Des notables français vivant au Caire vont l'aider à s'installer et très vite le malaise s'instaure entre eux. Jean-Baptiste, gêné par leur arrogance, comprend également que ceux-ci ne lui disent pas toute la vérité sur Leone dont même les circonstances de la mort semblent suspectes. Peu à peu, Jean-Baptiste mène sa propre enquête, accomplit un fabuleux voyage le long du Nil avant de découvrir la pyramide de Kheops, lieu sacré dans lequel il fera une découverte étonnante... Le secret des secrets ?