Link, s'est vu séparé en quatre lorsqu'il a brisé le sceau de l'épée de la légende: l'épée de quatre, afin de terrasser Vaati, le Mage du vent. Mais le pire, c'est que l'un d'entre eux, le violet, a décidé d'unir ses forces avec les ténèbres en s'alliant avec Link noir. Sans lui sera-t-il possible désormais possible de sauver la Princesse Zelda et de faire revenir la paix dans le royaumes d'Hyrule ?