La construction du grand navire du royaume de la science mobilise les efforts de tous les habitants. Elle touche cependant à sa fin, sous la direction de Senku et Ryusui !! Senku prend la mer et part à travers le monde en compagnie de membres d’équipage triés sur le volet. Leur but : se rapprocher de la source mystérieuse de la pétrification et sauver l’humanité.
Ils mettent tout d’abord le cap vers “l’île au trésor”, où reposerait une substance providentielle…