Tibs quitte son escadron afin d'intégrer la célèbre patrouille de France, tandis que Léo s'entraine pour la présentation du Rafale en meeting aérien. Puis, les deux amis sont envoyés au Pérou en tournée promotionnelle, mais sur le trajet, lors d'une escale au Groenland, ils sont sauvagement attaqués par des mercenaires qui tuent plusieurs membres d'un équipage français. Ainsi débute la troisième histoire de Rafale Leader, qui verra nos héros parcourir les Andes en hélicoptères et buggys volants des forces spéciales, affronter des Mig 29 équatoriens, des mercenaires serbes et des guérilléros du Sentier Lumineux. Autant dire que pour Léo et Tibs, ce ne sera pas une mission de tout repos !