Rescapé par miracle, l'U-47 retourne à sa base, lourdement endommagé. Son équipage peine à le maintenir à flot tant les dégâts sont importants. Devant l'état de l'épave, le haut commandement allemand décide de l'utiliser une dernière fois contre les chantiers navals anglais de Portsmouth. Le commandant Prien et ses hommes plongent alors dans un cercle vicieux de contre-espionnage et d'agents doubles, où l'U-47 va servir de cheval de Troie piégé...