Fin, drôle et pudique, Blue Flag est une fenêtre sur la tolérance.
Au printemps de leur année de Terminale, trois élèves se retrouvent à un carrefour de leur vie. Taichi est dans la même classe que Tôma, un ami d'enfance à qui tout réussi et que Futaba, une fille qu'il a du mal à supporter. Un jour, Futaba se confie à lui et lui avoue qu'elle est amoureuse de Tôma. Un instantané sensible des tourments de la jeunesse d'aujourd'hui.