"Z", une arme biologique développée dans le plus grand secret s’est répandue suite à un grand tremblement de terre qui a ravagé la région du Kantô. Pour endiguer l'épidémie, le gouvernement Japonais décide alors d'isoler la zone abandonnant les quelques survivants à leur triste sort.
L’arrivée récente de l’Empereur a eu pour effet de pousser plusieurs groupes à fuir la ville. Ses compagnons ayant été décimés, Tetsu accepte de suivre Kaoru pour tenter de sortir du Kantô et découvrir la vérité sur l’origine de la catastrophe. Sur les conseils de la redoutable Hotarubi, ils décident de se rendre au laboratoire d’Atsugi... Là où tout a commencé.