Une histoire palpitante racontant les événements se passant avant le long-métrage Pokémon le film, les secrets de la jungle !
Loin de toute civilisation, à l'abri de l'influence des hommes, on trouve un lieu où les Pokémon vivent en paix et en harmonie : la forêt d'Okoya. C'est au cœur de cet endroit paradisiaque qu'un Zarude va recueillir un bébé humain et l'élever. Ainsi débute la grande aventure de Koko, jeune humain vivant en pleine jungle au milieu des Pokémon !