Cédant à ses pulsions sexuelles, Murakami n'a pas pu s'empêcher de violer celle qu'il aimait... Rongé par les remords, il la croise plusieurs années plus tard, et doit faire face à ses sentiments. Chisa, de son côté, a de plus en plus de mal à contenir sa libido, et la personnalité tactile de Makoto, son ami d'enfance, ne l'aide vraiment pas...
Avec ses différentes histoires sous le thème de la pulsion, Les couleurs de l'innocence nous emmène de situation passionnée en situation passionnée avec beaucoup d'efficacité. Le ton y est souvent très léger, mais Nagayori sait aussi se faire grave lorsqu'il est question de famille ou de brimade.