Adolescent orphelin de nature solitaire, Natsume voit des yôkai depuis son enfance. Son existence, qui n'avait déjà rien d'ordinaire, le devient encore moins lorsqu'il hérite d'un étrange carnet qui lui permet non seulement de commander les yôkai, mais aussi d'avoir droit de vie et de mort sur eux. Voilà de quoi susciter bien des convoitises...