Un avion s'écrase dans la Forêt Amazonienne. Seul survivant, le jeune Daisuke Yamamoto se retrouve seul, sans ses parents, dans la Jungle. Il est bientôt adopté par une tribu inca qui le nomme « Amazon ». Il devient alors un sauvageon, vivant de la Nature qui l'entoure. Un jour, le village est massacré par Gorgos, le démon aux dix visages, qui cherche la puissante amulette GiGi afin de s'en servir pour contrôler le monde. Le dernier Inca, le Sage Bago, donne la relique à Daisuke pour qu'il la protège. Juste avant de mourir, il accomplit un rituel invoquant toute la science et la magie inca qu'il connait pour transformer notre héros en un puissant « Kamen Rider Amazon », avant de mourir. De retour au Japon, Daisuke combat sans relâche l'organisation maléfique Gedon, sans comprendre pourquoi ils le poursuivent ainsi. Viendra-t-il à bout de Gedon et de l'Empire Garanda ?