Une mystérieuse jeune fille, Alisa, a fait son apparition sur la terre. Avec son père, tous deux veulent récupérer les êtres de l'obscurité et s'attaquer aux amis de Fuyuki. Lors de la grande assemblée des extraterrestres, la police de l'espace prévient du danger de ce terrible duo. Keroro et ses amis vont nier les avoir déjà rencontrés afin d'éviter tout problèmes. Par ailleurs, Alisa semble éprise du jeune Fuyuki et est à présent une alliée bien précieuse lorsque le danger menacera la famille Hinata.