Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen... Comme Keroro n'en fiche pas une, les membres de l'unité laissent exploser leur mécontentement. Voyant que plus personne ne met les pieds dans la salle de réunion, Keroro décide alors de passer à l'action et d'envahir Pokopen tout seul. Mais quel est donc son plan ?!