Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen... Délaissé par les autres membres de l'unité qui en avaient ras le bol de lui, Keroro décida de se transformer en géant pour envahir Pokopen, mais cette stratégie démodée et de mauvais goût se solda par un échec. Quel sera donc son prochain plan ?