Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen... La dernière fois, le "projet de Pokopens télécommandés" aurait dû permettre de contrôler les Pokopens au doigt et à l'oeil, mais comme d'habitude, les plans d'invasion du sergent Keroro ont échoué. Keroro et sa bande n'ont cependant pas chômé et ont déjà réfléchi à une nouvelle stratégie. Pourront-ils enfin cette fois-ci conquérir Pokopen ?!