Le combat commencé il y a 3000 ans continue pour Yûgi et ses amis ! Alors qu'ils pensaient avoir définitivement vaincu Bakura, il est de retour grâce à l'aide d'un nouvel ennemi très puissant : le Grand Prêtre Zork Necrophedius. Mais cette fois, c'est la vie des combattants qui est en jeu, car seul le gagnant pourra retourner dans le monde réel...