Les laboratoires Yoroshisan & Nekosogi Funds, dirigés par Laomoto Khan, tentent de faire remplacer les flics de la ville par des clones dans le but de contrôler les rues. Bien décidé à les en empêcher, le chef de la police de Néo-Saitama reçoit la visite d'un assassin. Mais Ninja Slayer est prêt à s'interposer...