Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen... Suite à un incident inattendu, la Keron Ball, l'arme d'invasion ultime, s'est divisée en sept boules juste avant d'être achevée. Keroro et son unité se rendent sur l'île de Pâques à la recherche de la deuxième boule, mais ils se retrouvent en grand danger !!