Kyôto, 1863. Nio et Iroha, deux jeunes orphelins sont manipulés par deux samouraïs, surnommés « Miburo » par les kyotoïtes, pour servir d'appâts afin d'arrêter un groupe de malfaiteurs kidnappant les enfants dans la capitale. Pour se faire pardonner, Sôji et Hijikata proposent à Nio de devenir le troisième loup. Ce dernier, lassé de voir les injustices de ce monde, accepte, bien déterminé à redresser cette société dont les enfants subissent les travers.