Akira s'est réveillé. Néo-Tokyo est redevenu un champ de ruines, une terre de désolation où la société n'existe plus. Chaque être est livré à lui-même et tente de survivre sous l'égide du Grand Empire de Tokyo, dirigé par Tetsuo et Akira, autoproclamés Seigneurs de la ville. Kanéda a disparu mais Kei, Chiyoko, le Colonel et Lady Miyako continuent à oeuvrer dans l'ombre. Il faut notamment parer au plus urgent : les enfants-vieillards n'ont plus de drogue et leurs crises ne sauraient tarder. Lady Miyako, elle, semble avoir beaucoup de choses à apprendre à Kei... et à Tetsuo. Ce dernier commence à s'interroger sur l'étendue des pouvoirs d'Akira, sans parvenir à les comprendre.
La saga d'Otomo prend un nouveau tournant : alors que certaines questions ont trouvé des réponses, de nouveaux mystères surgissent. Les héros d'antan sont fatigués, dépassés par le cours des événements. L'Empire de Tokyo est un repaire de fanatiques dangereux, tous au service d'Akira qu'ils vénèrent comme un Dieu. Face à ce nouveau chaos, il faut avoir les nerfs solides pour espérer y voir clair... et survivre.