An 2000. Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées « Anges » apparurent, semant la terreur et la destruction.
Pour repousser ces attaques, la N.E.R.V. a mis au point des robots de combats appelés Evangelion. Ces machines de guerre sont maintenant opérationnelles et sont servies par toute une équipe. Apparaissent inévitablement des dissensions au sein du groupe, qui constituent pour la N.E.R.V. un nouveau danger aussi redoutable que les « Anges » eux-mêmes...