Pour connaître la vérité, Mikan et ses amis ont entrepris un voyage dans le passé de l'Académie, grâce à l'alice de M. Noda ! S'y entrelacent les différents sentiments de Yuka, la mère de Mikan, de son père Izumi, du jeune M. Narumi… Puis, un lien unissant Mikan et Natsumé est révélé. C'est alors que dans l'espace/temps, le petit groupe retrouve un certain personnage de manière inattendue...