Dans un lointain futur, l’humanité navigue aux confins de l’espace depuis 1 000 ans. Mais à nouvelles frontières, nouvel ennemi ! Les redoutables Gaunas, de très loin supérieurs à l’humanité, ont détruit la Terre et poursuivent les survivants sans relâche. Les hommes, réfugiés dans de gigantesques navires spatiaux, mettent au point une arme révolutionnaire, les Sentinelles, pour tenter de faire face à la menace. Tanikaze Nagate, est né dans les entrailles du Sidonia, l’un de ces navires. Il est alors recruté pour piloter une Sentinelle.
Clonage humain, hybridation humain-animal, manipulation de la photosynthèse… la technologie est omniprésente dans cette œuvre qui explore avec acuité les développements futurs bien au-delà de la simple présence de mécha. Après Blame, Abara et Biomega, la nouvelle série de Tsutomu Nihei confirme une fois de plus le talent graphique unique et la vision anticipatrice de son auteur.
Dans sa conception comme dans son traitement, Knights of Sidonia se situe entre Battlestar Galactica et Neon Genesis Evangelion.