Sur les côtes de Rhode Island, dans une bâtisse en ruine, Abe Sapien retrouve sa femme, morte noyée au XIXe siècle. Au même moment, le B.P.R.D., encore marqué par le fléau des grenouilles, emménage dans de nouveaux locaux : une ancienne base de recherche gouvernementale dans laquelle aurait été enterré vivant un scientifique nazi, il y a 50 ans?