Jim Hawkins, le jeune héros de L'Île au trésor, est devenu négociant mais peine à régler les dettes qui s'accumulent. Sa vie est soudain bouleversée par une convocation à un mystérieux rendez-vous, où il a la stupeur de retrouver ses anciens compagnons de fortune. On leur annonce alors qu'un commanditaire anonyme souhaite qu'ils retournent sur l'île afin de récupérer la deuxième partie du trésor de Flint le Pirate...