Alors que le coeur des États-Unis subit une invasion de grenouilles démoniaques, Abe Sapien et Liz Sherman, hantés par leurs propres démons, ne sont plus que l'ombre d'eux-mêmes. En l'absence du leader naturel du B.P.R.D. - Hellboy -, certains caractères se révèlent... Dans l'ombre, la Flamme Noire et une nouvelle génération de fanatiques nazis préparent le réveil d'Anciens Dieux.