Le Jedi Quinlan Vos a perdu la mémoire. Il doit se mettre en quête de son passé, mais aussi retrouver la trace de sa padawan, Aayla Secura, qui a mystérieusement disparu. Avec pour seuls alliés son sabre laser et un rusé Devaronien, le Chevalier amnésique va affronter des joueurs dangereux, de faux Jedi, des agents corrompus... et surtout l'influence grandissante en lui du Côté Obscur de la Force.