Depuis la bataille de Geonosis qui concluait l'Épisode II, les forces séparatistes, dirigées par le Comte Dooku, tentent de faire sécession. Pour les empêcher de détruire une fabrique de Clones, un commando de Jedi - parmi lesquels Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker - est envoyé sur la planète aquatique Kamino. Ils découvrent que Jango Fett, bien que mort, joue encore un rôle important dans cette guerre.