Au lycée Hakoniwa, les élèves peuvent exprimer leurs préoccupations à chaque heure de la journée et sept jours sur sept en les déposants par écrit dans la boîte à réclamations, la Médaka-Box ! Le combat quotidien de la présidente du Conseil Étudiant, Médaka Kurokami, pour résoudre les problèmes des élèves est sur le point de commencer !