Prison Lab n'est pas un manga d'horreur classique. En prenant pour point de départ un phénomène de société de plus en plus courant et médiatisé : le harcèlement scolaire, ce seinen s'intéresse à l'inversion des rôles : quand la victime devient bourreau. Aito Eyama est un lycéen qui subit quotidiennement les brimades de ses camarades. Un jour, il reçoit une lettre l'invitant à participer à un jeu. Les règles sont simples, il doit capturer une personne et la garder en vie pendant un mois. S'il y parvient, il remportera une grosse somme d'argent. Aito jette son dévolu sur la chef de ses tortionnaires : Aya Karishima. Mais il n'est pas le seul à participer à ce jeu dangereux...