Prison Lab n'est pas un manga d'horreur classique. En prenant pour point de départ un phénomène de société de plus en plus courant et médiatisé, le harcèlement scolaire, ce seinen s'intéresse à l'inversion des rôles : quand la victime devient bourreau.
Alors que Katsumata a réussi à mettre la main sur Tsugami et à faire la lumière sur les circonstances de l'agression de sa fille Sachi, il assiste impuissant au suicide de celle-ci, trop abimée par la vie... Ayant perdu sa seule raison de vivre, et avec elle, sa seule motivation pour participer au jeu de la prison , il décide de relâcher sa captive, Erika Kuranashi...