À la fin de City Hunter, Ryô et sa partenaire Kaori commencent une nouvelle vie, tel un heureux couple. Une redoutable tueuse à gages, connue sous le nom de Glass Heart, décide de sauter d'un immeuble, rongée par les remords de tous les meurtres qu'elle a commis. Mais la jeune fille s'empale et ne pourra survivre que grâce à une transplantation cardiaque. Le destin cruel lui octroie celui de Kaori, morte la veille de son mariage en tentant de sauver un enfant. En se réveillant après un coma d'un an, Glass Heart est assaillie par les souvenirs de Kaori et le désir de rencontrer Ryô.