Depuis le jour où une étoile a explosé, des humains ont soudainement développé des pouvoirs hors du commun. Ils sont appelés Altered. Considérés comme des ennemis de la société, ils sont arrêtés puis envoyés dans un endroit dont le lieu est gardé secret : l’île D, appelée également Area D. Ceux considérés extrêmement dangereux en raison de leurs pouvoirs sont classés dans la catégorie S. Ils sont coupés des autres Altered et placés dans un conteneur pendant toute la durée du trajet jusqu’à l’île D. C’est ici que les aventures de Jin commencent. Il fera la connaissance d’autres Altered, avant de poser les pieds sur l’île inconnue tant redoutée…