En riposte à l'invasion des "Seringue", organisation criminelle qui cherche à mettre la main sur le mystérieux virus aux propriétés surnaturelles, le D99, Mikoto reçoit l'ordre de les attirer dans un piège. Délaissant pour quelque temps l'Institut Mochizuki, elle s'infiltre dans le centre de recherches où est conservé le D99 en s'inscrivant comme élève au lycée qui y est rattaché. Mais que va-t-elle y découvrir... ?