Une page s’est tournée sur l’Area D. Ce n’est plus une prison placée sous le contrôle de la communauté internationale, mais le bastion de la rébellion des altered. C’est semble-t-il Jin Kazaragi qui a pris le contrôle de l’île et déclaré la guerre au monde entier. Après avoir coulé toute la flotte lancée à son assaut, l’île ordonne aux autorités de la communauté internationale de continuer à lui envoyer des altered. Mais les humains normaux n’ont pas dit leur dernier mot. Ils ont choisi comme stratégie d’infiltrer des agents parmi les altered destinés à l’Area D afin de tuer Jin Kazaragi. Ryô Hazama est un de ces agents. Il s’est porté volontaire pour venger la mort de sa mère dont Jin serait responsable. Diverses rencontres et embûches l’attendent sur l’île !