Tokyo est entièrement contrôlée par les plantes. Déterminé à se battre pour tenir la promesse qu’il a faite à Yui, Akira décide de retourner à la surface en compagnie d’Eudyptes pour aller chercher des armes. Accompagnés d’un petit groupe de survivants, ils profitent du fait que les plantes géantes ne sont pas actives la nuit pour se mettre en route… Mais un terrible danger les guette !