Willard Watte est un héros hors du commun, Martin Mollin est un libraire pas très malin. Rien, jusqu’ici, ne les prédisposait à se rencontrer. Sauf, peut-être, une bande dessinée. En effet, Willard n’est pas un justicier comme les autres, accompagné de sa fine équipe d’experts, il combat le crime et ses aventures sont reproduites et publiées sous forme de feuilletons dessinés. Vengeur cagoulé, sa véritable identité reste mystérieuse et les extrapolations fantaisistes à son sujet vont bon train.
À la suite d’une bagarre sur son lieu de travail à laquelle il a assisté, Martin est amené à la base secrète de Willard pour y être interrogé. C’est bien malgré lui qu’il va devenir l’un des protagonistes d’une enquête de son personnage de BD préféré. À l’instar de Gotham City, Capharnaüm est le décor de l’intrigue où le super-vilain Gashinga sème désordre et zizanie.

Plus de vingt ans après Lapinot et Les Carottes de Patagonie, Lewis Trondheim livre ici un récit rocambolesque et surréaliste qui flirte avec l’absurde. Fidèle à son humour caustique et sarcastique, on retrouve dans Capharnaüm son goût pour les situations cocasses, les rebondissements et les péripéties saugrenues. Ce projet pharaonique, qui devait compter 5 000 pages (sic), a aussi été pensé comme un exercice pratique dans les carnets de l’auteur. Ce récit, finalement inachevé, invite le lecteur à s’imaginer la suite des truculentes aventures de Martin Mollin.