A Shinjuku, la tristement célèbre tueuse à gages Glass Heart, rongée par le remords, se suicide en se jetant du haut d'un immeuble. Pour qu'elle survive, ses employeurs décident de lui faire transplanter un coeur, celui de Kaori Makimura, la défunte assistante du nettoyeur le plus craint du Monde entier : Ryo Saeba, alias City Hunter !