Yaiba poursuit son apprentissage des nouvelles techniques de son épée. Les différents combats qui l'attendent lui permettent d'en savoir plus sur les secrets qu'elle renferme. Face à l'une des armées de ninjas d Onimaru, il va ainsi se transformer en géant et ravager la ville. Sa puissance accroît et le moment de rencontrer à nouveau Onimaru n'est plus très loin?