Amérique du sud, décembre 1801. L'explorateur Alexander von Humboldt capture le Marsupilami, une créature totalement inconnue, tout en s'emparant de trois de ses œufs. Sa trouvaille exceptionnelle, apportée au musée d'Histoire naturelle de Berlin, y sera pourtant négligée puis totalement oubliée... C'est là, en 1931, que Mimi, une petite fille de 7 ans, va faire la rencontre du Marsupilami. Ensemble, ils vont mettre Berlin sens dessus dessous ! Mais surtout : ils vont tenter de retrouver les œufs du Marsu disparus dans la grande ville...

À la suite du succès de son Spirou à Berlin, l'artiste allemand Flix se tourne vers un autre classique de la BD franco-belge, en redonnant vie au mythique Marsupilami sous la République de Weimar !