Juillet 1940 : alors que les troupes françaises viennent de subir l'une des plus grandes défaites de leur histoire, Martin Wisenfall, médecin strasbourgeois, retrouve sa femme Elisabeth, qui est juive, et sa fille.

Devant le rattachement prochain de l'Alsace au Reich, il trouve plus prudent d'envoyer sa famille à Paris chez un cousin. Il lui reste à trouver un moyen d'obtenir des laissez-passer pour les voir régulièrement. C'est chose faite grâce à un professeur de médecine qui s'intéresse de près aux recherches de Martin sur les maladies infantiles.

Durant près de deux ans, la guerre semble avoir oublié la famille Wisenfall qui vit au gré des quelques jours passés ensemble tous les trois mois. Mais le drame les rejoint lorsque Martin est engagé de force dans une division SS sur le front de l'Est.  Pendant ce temps, la surveillance des Juifs parisiens s'intensifie... L'histoire est construite autour de  flash-back qui permettent de passer du front de l'Est à la période heureuse de la famille Wisenfall, tenant le lecteur en haleine.

Herr Doktor mélange le cadre de la seconde guerre mondiale et le récit intimiste centré sur une famille ballottée par le destin.

Ici, pas de grands héros résistants ou d'immondes collaborateurs, les personnages ne sont que des êtres dont le seul objectif est de sauver ceux qui leur sont chers. Ce n'est que poussé par les événements que Martin devra prendre parti, sans renier pour autant le serment d'Hippocrate.

Quelle humanité reste possible dans l'inhumanité ?