Lorsqu'une nouvelle invention disjoncte, les Tortues se retrouvent dans un tout autre New York. Un New York rempli de fantômes... avec les S.O.S. Fantômes ! Les deux équipes devront apprendre à s'entendre rapidement parce qu'un nouvel adversaire, qui a resurgi du passé des Tortues, les a suivies et aspire à conquérir la Grosse Pomme.